本院认为，《中华人民共和国公司法》第三条规定：“公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。”第三人市政三公司作为经工商登记的有限责任公司，有独立的法人人格和财产权利，可独立承担民事责任。根据合同相对性原则,本案所涉合同系由原告XX司与第三人市政三公司签订,且意思表示真实,且工程已经竣工验收,故双方应当按照合同约定履行义务，即原告XX公司要求履行支付工程款和返还资料押金等义务的主体应当为市政三公司。诉讼中，原告XX公司认为不论第三人市政三公司与被告市政集团在本案工程中是委托管理关系，还是分包关系，被告市政集团在本案中均应当承担责任。但目前证据既不足以证明双方系委托管理关系，也不足以证明双方系分包关系，故市政三公司作为原告XX公司合同的相对方，首先应当由市政三公司对原告XX公司债权承担责任，至于市政集团是否应当承担连带责任，尚无证据足以证明。然而，现原告XX公司明确不向其合同的相对方市政三公司主张权利，而只向市政集团主张权利，其法律依据并不充分，故对于原告XX市政在本案中对被告市政集团主张的诉讼请求，本院均不予支持。

关于管辖权问题。被告市政集团根据原告XX公司与第三人市政三公司签订的《工程施工专项分包合同》中关于“本合同发生争议，双方首先应当进行协商，协商不成的，应提交武汉仲裁委员会仲裁，故不应由法院受理”的约定，辩称本院不属于本院管辖。但当事人双方直至第一次庭审结束均未向本院提交该合同，也未提出该抗辩，故因被告未在答辩期内提出管辖权异议以及管辖恒定原则，本院对该项主张不予支持。

综上所述，本院依照《中华人民共和国公司法》第三条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款、第一百四十二条的规定，经合议庭评议，判决如下：

驳回原告湖北雄发XX市政工程有限公司的全部诉讼请求。